糾正一下題主的問(wèn)題，福建有三處南少林（疑似），除了莆田和泉州外，還有一處福清南少林，先介紹三處的情況再說(shuō)結論。
1915年出版的《少林拳秘訣》說(shuō)：“國內有兩少林，一在中州，一在閩中”。中州少林寺就是嵩山少林寺，閩中少林就是本題中的南少林。
福清南少林
1993年6月，在福清市東張鎮少林自然村，找到了少林寺遺址（如圖）。從少林尾經(jīng)少林石路，過(guò)少林橋，進(jìn)入山門(mén)，有九個(gè)層次分明的大階地，寺院依山起勢成階梯式建筑，前后進(jìn)深180米，主座及兩廂附廊寬達68米，建筑面積近2萬(wàn)平方米。寺院建筑群十分浩大，寺內有極為完整的排水系統和用特制的瓦筒安裝的供水設施，四周筑有防火墻，墻外還有附屬建筑物，是一座大型禪宗寺院。
福清少林寺遺址，無(wú)論其山川地貌、寺院風(fēng)水和文化內涵都與河南嵩山少林寺相似，同為蓮花寶地，九蓮山環(huán)峙。少林寺后面的山，也叫嵩山。
福清少林寺遺址，經(jīng)國家文物管理局批準，從1995年7月起由省市聯(lián)合考古隊進(jìn)行發(fā)掘，出土了大量少林寺文物，如“少林院”“少林”等石刻銘文，以及石橋、石孟、石槽、石碾、石碑、石礎、石春臼、石磨、石香爐、瓷器、錢(qián)幣、銅鏡，還有巨型的北宋早期的和尚墓塔等上千件文物。
福清少林寺遺址面積達5000平方米，寺院建于唐宋時(shí)期，屬佛教寺院建筑，其布局依山體走向，沿階地進(jìn)行設計建造，工藝精細。寺院周?chē)?條當年對外交通古道和10多座古橋。
1994年11月，經(jīng)批準，福清在少林寺遺址上重建南少林寺。寺前廣場(chǎng)上，立著(zhù)南少林寺大碑坊。天王殿后兩層院埕，石階上是“大雄寶殿”。還有達摩祖師殿。整個(gè)寺院的建筑，全是乳白色的墻基，紅色的墻壁、門(mén)戶(hù)、梁柱，頂部仿古的斗拱、椽條紅白相間，屋蓋是金黃色琉璃瓦。
嵩山少林寺第三十三代法師釋永壽曾率團到福清考察少林寺遺址，予以確認。
莆田南少林1986年，莆田市在西天尾鎮北部層巒疊嶂中的九蓮山麓發(fā)現一處古建筑遺址，以及五口建造于北宋年間的大型花崗巖石槽殘碑、石柱等，學(xué)者們從石槽長(cháng)226厘米、寬100厘米，槽旁刻有“諸羅漢浴煎茶散”字樣，判斷這是僧兵治療傷病用的石槽，又從殘碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字樣，最引人注目的是那口重達數千斤的宋代石槽，槽上刻有“當院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推測此遺址可能是南少林寺遺址。十幾年前我去過(guò)莆田南少林，親眼看過(guò)這個(gè)石槽。去的那天剛好趕上所謂“南北武僧匯演”，還上了新浪頭條，結果第二天就被北少林打臉。(其實(shí)就是當地從河南武校請來(lái)表演的)
九蓮山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山間盆地，居九華山脈中段，地勢十分險要，是理想的兵家用武之地。山間盆地小平原，耕植可以自給，大本營(yíng)離各個(gè)隘口不過(guò)數里之遙；且坡度平緩，如有軍情，到隘口憑險據守不過(guò)片刻功夫。從地理形勢上看，林山實(shí)在是個(gè)易守難攻的藏龍臥虎之地。寺區周?chē)兄焐健⒄两⒄^等10多個(gè)山寨。目前各寨遺址均存。山頭尾和梧桐山還有高三、四十米頗為壯觀(guān)的山澗瀑布。少林寺遺址正處在九蓮山盆地的中心，寺院的基地有兩三萬(wàn)多平方米，十方叢林的氣度可想而知。清初，南少林寺因在反清復明斗爭中與天地會(huì )有著(zhù)千絲萬(wàn)縷的聯(lián)系，清王朝深為忌恨，遣兵焚毀，莆田南少林寺從此湮沒(méi)于歷史煙塵之中。
1992年4月25日，莆田市在北京人民大會(huì )堂舉行新聞發(fā)布會(huì )，正式向外界宣布發(fā)現南少林寺遺址，中國佛教會(huì )理事、嵩山少林寺第29代方丈德禪大師出席新聞發(fā)布會(huì )，他根據先輩叮囑，暫定了林泉院即南少林寺，并贈送了“南少林就在福建莆田九蓮山下”的親筆題詞。現在，莆田南少林寺已初具規模，大雄寶殿、天王殿、鐘鼓樓、山門(mén)以及趙撲初題額的“南少林”牌坊等，巍峨壯觀(guān)，金碧輝煌。周?chē)墓胖袼隆⑾嘉嘣骸⒕派弾r等大小寺院環(huán)繞著(zhù)南少林寺，形成氣勢昂揚的寺院群落，重現了當年十方叢林的恢宏氣度。唯一的遺憾是所有記載只是“林泉院”的痕跡，并無(wú)記載“少林寺”的字樣，還是不能服眾。
泉州南少林泉州南少林應該名聲最大，因為央視10套曾經(jīng)多次播放了泉州南少林的紀錄片，展示了古籍證據。福建泉州東禪少林寺，相傳為唐初嵩山少林寺武僧智空入閩所建，址在清源山之東岳山麓，一向為我國南禪及南少林武術(shù)之中心，聲名遠播。自唐宋元明清以來(lái)，歷經(jīng)三廢三興。據清代《西山雜志》記載，唐天佑元年（公元907年），“少林寺反王審知附梁，被毀”，北宋太平興國六年（公元981年）詔修；南宋景炎元年，“清源少林寺千僧蒲壽庚之降元”，千僧抗元，少林寺再次被毀，明洪武十年，州官黃立中“疏奏朝廷，敕修少林寺”，直至清乾隆二十八年，泉州少林寺第三次被毀，火燒少林寺之后，少林寺和尚至善法師避禍民間，繼續招收少林弟子，反清復明。部分武僧逃入德化避難，其藏身地一直是個(gè)謎。近來(lái)有人證實(shí)，泉州市德化縣福建省著(zhù)名的戴云山脈是當年南少林武僧的落腳點(diǎn)。在乾隆年間，一代武林宗師洪熙官進(jìn)了泉州少林寺，拜至善禪師為師，繼續發(fā)展南少林拳。后來(lái)他在廣東佛山習武、開(kāi)館授徒，培養出了南少林拳王黃飛鴻，后又由黃飛鴻弟子傳至香港，并遠播東南亞及美國等地。
現位于東岳山腳下的泉州市少林寺，挖出了大量唐宋時(shí)期南少林寺的建筑構件之后，位于南安石井鎮埭頭村的顏崗寺又發(fā)現了一處“南少林五祖”之一的墓塔，為“南少林發(fā)源地在泉州”的說(shuō)法再添一重要左證。正在施工的泉州南少林寺二期工程在復建天王殿工地上，已陸續出土一批唐宋時(shí)期古石礎、石柱、石塔剎、藥碾槽、宋瓷花瓶等珍貴文物。此間考古人士稱(chēng)，這是南少林考古的又一新發(fā)現，進(jìn)一步印證了泉州南少林遺址歷史。但所有這些的證據還是難以服眾，最重要的一點(diǎn)是無(wú)直接記載“少林寺”的字樣。
個(gè)人判斷三家中莆田的證據最弱，僅憑著(zhù)石槽上的僧兵兩個(gè)字。福清出土了大量少林寺文物，如“少林院”“少林”等石刻銘文，相對靠譜些。泉州證據更充分，關(guān)鍵是衣缽傳承清晰。所以我的判斷是泉州大于福清，福清大于莆田。