巴厘島北部有一火山帶貫穿東西，其中最高為阿公火山（Gunung Agung） 3，142 米。火山帶往南及北延伸，為島上主要生產(chǎn)農作物的肥沃稻田。
巴厘島西部人口稀少，是島上唯一的非耕種區域，也是巴厘島國家公園所在地，這里為茂密的樹(shù)木叢生區域，內有豐富罕見(jiàn)的植物和鳥(niǎo)類(lèi)，以及壯觀(guān)的海底世界。
最高山：東北部的阿貢山（Gunung Agung），海拔3，142公尺，被稱(chēng)為「世界的肚臍」。
最大湖泊：巴杜爾湖（Danau Batur）
最主要的兩條河流：帕克里桑河（Pakrisan）和貝塔努河（Petanu），這兩條被視為圣河的兩岸，曾經(jīng)發(fā)現許多古代帝國的遺跡。
國家森林保護區：西部的珍巴拉納（Jembrana），是仍居住著(zhù)熊、野豬，和鹿等生物的熱帶叢林。
巴厘島地處赤道，氣候炎熱而潮濕，是典型的熱帶雨林氣候。在低處，平均溫度在攝氏21和33度之間，但山區溫度可以低至攝氏5度。濕度根據地區及季節不同而異，總體而言很高，平均濕度約在60%-100%之間。一般而言，印度尼西亞可分為兩個(gè)季節：東南季風(fēng)帶來(lái)干燥天氣（干季），西北季風(fēng)帶來(lái)豐沛的雨水（雨季）。
雨季從11月持續到3月，1月至2月是雨季的最高峰，每天下雨好幾個(gè)小時(shí)，特別是在巴厘島中心的小山上。這時(shí)期下雨是可以預期的，然而總會(huì )間以陽(yáng)光出現雨水稍停的時(shí)候。下雨之前，空氣中充滿(mǎn)濕黏的悶熱感；雨后則立刻讓人感覺(jué)清涼舒暢。4月到10月是干季，是攀登山峰或參觀(guān)自然保護區的最佳時(shí)節。

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